将已支付的借款转为工程款涉及资金性质的根本转变，需遵循严谨的法律与财务程序。核心步骤包括双方协商一致、签订书面协议、完善凭证关联及进行正确的财务账目调整。完整的证据链是保障双方权益、避免后续纠纷的关键。